基礎が大切です。数学・理科のうち苦手科目(分野）はセンター対策を中心にされた方が良いと思います。２次の役にも立ちます。
私は物理・化学が苦手でしたのでセンター試験までセンター対策を中心にやりました。数学は、得点源だったので２次対策中心でときどきセンター対策をやりました。（主に解答スピード訓練）

お答えします。
まず、センターは慣れの部分が多いです。たとえ2次ができてもセンターができないというのは、実はよくある話です。しかし、2次の理科はできるのにセンターの理科が6割程度しか取れないというのは、考えにくいです。なぜなら、センターの理科は問題数や難易度的に、時間に追われたり、難しくて解けなかったりすることはあまりないからです。理科で得点できない場合、ほかの科目で少しでもミスをすると大幅に点数が下がります。なので、理科は確実に8割を超えるようにしましょう。私は物化選択だったので生物についてはわかりませんが、理科に関してはやはり基本問題が多く、ひねくれた問題はほぼないと思います。あってもそれにこだわるより他を落とさないようにしましょう。
センターは11月に入ってから始めるというのが一般的なようですが、それに合わせる必要はありません。センターが自分の足を引っ張るようなら、早めに対策をするのが効果的です。基本的に理科以外は慣れなので、8割まではこれからの努力で突破できるはずです。
ところで、これからセンター重視の勉強を始めるとすると、次に2次の勉強ができるのはセンター後で、約1か月しかありません。過去問を解いてみて、今の時点で自分の点数が合格点に届いている、もしくはもう少しで届きそうならいいですが、センター後の残り1か月の勉強で過去問をこなせる気がしないなら、まだ2次の対策をするのがいいと思います。センターは追い込まれてからが本番ですが、2次はそういうわけにはいきません。なので、自分の今の状況をよく見て、センター重視の勉強に移行するべきかを考えてみるといいと思います。
そしき部一同応援しております。