実際に今年の入試で２１世紀プログラムに合格したお方にお話を聞いてきました。

まず受験勉強についてですが、２１世紀プログラムを受験するにあたり、基本的には専属の担当の先生が１人いることが望ましいそうです。そして次の①～④のスパンを繰り返すのが良いそうです。

①毎日新聞などをもとに時事問題について２人で討論する（２人だと意見を発言する場が多く大変なので、慣れておくと本番の多人数での討論が楽になる）。
↓
②レポート対策で毎日課題として４００～６００字程度の意見文を書く。
↓
③添削してもらい、次回の討論前に解説してもらう。
↓
④最初に戻る。

本番の少し前には１度や２度実際の分量（A４レポート用紙３枚２４００字前後）・時間（４時間１５分）で練習して感覚をつかみ、担当の先生に添削してもらったそうです。
面接の練習は本番の２週間前くらいから先生３人にお願いしておこなうのがよいそうです。本番の面接はフランクですが、するどいツッコミをもらうなどしておくと本番が楽だそうです。
また、時々他大学のAO志望の人と一緒に討論をして、監督の先生（複数が望ましい）にアドバイスをもらったそうです。
英語は九大一般入試の英語レベルなのでそこまで難しくないです。

学校での対策以外に、ニュースや解説番組（NHKのクローズアップ現代など）を見たり、新聞を読んだりして常に自分の意見を持つようにすることが重要だそうです。

志望理由書の内容は人によって異なるため一概には言えませんが、他大学あるいは他学科ではダメ！絶対に九大の２１世紀プログラムなんだ！ということが書かれているのがよいそうです。
このお方の場合は、高校生活の中で将来の夢を持つようになったきっかけや、その夢を叶えるには何が必要か（学問等）などについて書いたそうです。
九大の２１世紀プログラムにしかない特色（専門的なゼネラリスト、リーダーシップのある人材や国際的人材の育成など）にふれつつ書けばオッケーだそうですよ！