お答えします。実際にAOで合格された方に聞いてみました。

与えられたモチーフを使って自由に構成するということで、自由の捉え方は各々で違うので色々な自由があると思います。例えば自分が受けた時の事で言うと、与えられたモチーフは檜の木片(横20cm、高さ4cm、縦10cmくらい)、小型ピルケース×5個、ビニール袋、三角フラスコだったけど、自分はタイトルを"宇宙"にして、ビニール袋の上に木片を配置してビニール袋の光沢とかで川に見立てて木片と合わせて自然を、小型ピルケースの工業製品っぽいところから都会などの発展したところをそれぞれ表現しました。紙の真ん中に三角フラスコを配置してフラスコの口の部分からビニール袋を水が流れ出てるみたいなイメージで配置することで、地球(フラスコ)の中で生命(ビニール袋)が溢れてる様子を表現しました。配置的には生命が溢れてる様子が1番強調したかったんで三角フラスコを真ん中に大きく配置して右にピルケース、左に木片を配置しました。
これはアドバイスになりますが、製作意図を初めに決めておいて絵を描くというよりも、大体のテーマを決めておいて(モチーフとか関係なしに、事前に)それにモチーフを合わせていくほうが製作意図も早く書けて良いと思います。例えば自分のことを例に挙げると、自分はどんなモチーフが来てもテーマは宇宙で、あとは宇宙の中の何にモチーフを当てはめるかって所からスタートしていました。描きやすいテーマはなるべく抽象的なのが良いです。宇宙とか自由とか希望など。抽象的ものならそれに対する考え方はその人それぞれで違うから連想し易いと思います。