ご質問ありがとうございます。
回答が遅くなってしまってごめんなさい。今回は農学部生物資源環境学科2年生の方からの回答です。以下、回答になります。

こんにちは。農学部の現2年生です。
マーク模試の判定が悪い一方、2次試験の判定が良いのだが、どのように勉強をすればよいかという質問ですね。これね、すごくわかります。実は私もこのパターンでした・・・(-_-;)
2次試験ではうまくいくのに、マーク模試の形式になかなか慣れない（特に数学）ので、思うように点数が伸びなかったのが印象に残っているほどです。だからこそ、この時期は2次試験の勉強ではなく、センター試験対策を毎日のようにしていました。「2次はまあ、とれるっしょｗｗ」くらいの余裕でいましたね笑。
マーク式試験はとにかく「慣れ」です！特に、理系学部の中で農学部が最も傾斜配分が大きい英語は、「慣れ」が効いてきます！私も最終的には9割取れるほどにまで伸ばせました。国語もまた然りです！（なので、英語や国語の対策は「どうやったら点がとれるのか」にフォーカスして勉強することをお勧めします。）
あなたなら2次試験はきっと突破できます！そのためにセンター試験を攻略する必要があります！なので、何度もいいますが、この時期はとにかくセンター試験に集中していきましょう！
ながながとすみません。では、第1の関門突破、期待していますよ！

とのことでした。参考になさってください。質問者様のご健闘をお祈りしています！