ご質問ありがとうございます。
まずは、第1次選抜の合格、おめでとうございます。そしてセンター試験を前に、回答が遅くなってしまい、ごめんなさい。
今回、九州大学芸術工学部を他大学に在籍した状態で受験された学生を探したのですが、あいにく該当する方を見つけることができませんでした。申し訳ございません。

ここからは一般論での回答になりますがご容赦ください。
特殊なケースでの入試、心配ですよね。質問者様の心に留めておかれると安心できることがひとつあります。それは、学生募集要項は嘘をつかないということです。募集要項に記載されている情報の前で、受験生は平等に扱われます。入学者選抜方法に記載されていることがすべてです。
実は私も、特殊なケースでAO入試に挑みました。具体的にお話することが難しいのですが、私も入試の前は不安で不安でたまりませんでした。ほかの受験生と同じように勉強して、同じ試験を受けるのに、自分だけが成績ではない何かによってふるいにかけられて、私は例え頑張っても合格できないのではないか…と悩んだことがありました。しかし、私は無事に合格し、今は楽しく大学生活を送っています。ですから、今なら言えます。「学生募集要項は嘘をつかない。記載されている項目以外の何かがマイナス要素になることはない。」ということです。
質問者様の場合はAO入試でしたね。むしろ、ご自身が在籍されている大学でこれまでに学んだこと、積んだ経験を小論文や実技を含む面接で全力でアピールすることができます。これは現役生や通常の過年度生にはまずないアピールポイントです。このような見方をした時、質問者様は大きなプラス要素を持っていると言っても過言ではないと思います。
また、こういった見方をすることもできます。質問者様は最初の難関である第1次選抜を合格されたのです。音響設計学科では、提出された調査書等の書類、志望理由書の総合評価で評価されるとのことですが、書類のみで質問者様が評価されているということになります。当然、提出された書類に他大学に在籍していることが分かるものがあれば、それも見られているということです。質問者様は他大学に在籍していることも含めて評価され、第1次選抜に合格されたと考えることはできないでしょうか？九州大学のAO入試はどの学部学科においても難易度はとても高いと言われています。第1次選抜に合格するだけでも、難しいと言われるのです。第1次選抜に合格されたことを誇りに思って良いと、私は思いますよ。
結論としては、私個人の意見になりますが、他大学に在籍していることが、マイナス評価になるとは思いません。

参考になさってください。この回答を通して、質問者様の不安を少しでも緩和できれば幸いです。最後になりますが、質問者様に素敵な春が訪れることを心から祈っています。もし、また不安なことや分からないことなどありましたら、ここでお待ちしていますね。